PyMOL(三维结构显示软件) v2.3.2官方版

PyMOL是一款强大好用的三维结构显示软件，软件自发布以来受到不少专业人士的青睐，小编为大家带来的是官方版本。PyMOL支持多种图像格式，包括pdb、sdf等，软件提供了创建相应的分子动画必备的工具，同时还可以实现自动插值，循环和光线跟踪帧，图像帧缓存，慢动作模拟等操作，有需要的用户欢迎下载。

PyMOL特色

1、提供了强大实用的绘图工具

2、PyMOL支持多种图像格式，包括PDB、SDF

3、生成的PyMOL结构可以导出到VRML

4、PyMOL可以使用各种图像表示方法显示分子数据

5、具有可定制的颜色，结构标签，可调对象透明度，输出和控制大小，自动缩放，文本覆盖和可定制的鼠标控件

PyMOL使用教程

文件的打开有两种方式：一种是将pdb格式的蛋白文件直接拖到桌面快捷方式上;另一种是从菜单栏File/Open打开文件。打开方式与大多数软件相似，打开后的结果如下图。

更改模型的显示方式。点击all图层上的H(Hide)标签，隐藏所有的显示方式对应的模型;点击all图层上的S(Show)标签，选择所需的模型显示方式(这里选择cartoon);点击all图层上的C(Color)标签，更改模型着色方式，这里选spectrum，颜色选rainbow。下图是更改显示方式后的效果。

鼠标对模型的操作。常用的鼠标操作方式如下表，选择合适的显示视角即可。

表1常用的鼠标操作方式

图片的渲染与导出。只需要在命令行输入“ray 900,900”，随后按回车键即可进行光影着色。这里的数字900是图片的长和宽的像素数，根据需求自由设置。渲染完成后的效果如下(注意：此时点击渲染好的图片又会返回模型编辑模式)。

最后，选择file/Save Image As/PNG...即可导出图片到指定位置。最终导出的模型的效果结果如下。

PyMOL命令语法

PyMOL> keyword argument

但并不是所以命令都需要变量，比如退出命令，我们就可以直接输入PyMOL>quit,然而需要变量的命令依旧占据了大多数，可以分为单变量命令和多变量命令，单变量命令指的是对于某些命令，我们只可以输入一个变量，比如放大命令zoom，但是同时你会发现不加任何变量这个命令也可以被执行，这是因为PyMOL对单变量命令有一个默认的变量，对于放大命令zoom来说，all就是它的默认变量，即

PyMOL>zoom等同于PyMOL>zoom all

多变量命令可以带多个变量，比如说假如我想将对象的的颜色变为红色，我们可以使用 PyMOL>color red这个命令，但是操作后我们会发现这样的命令没有办法指定某一部分变色，于是我们可以选中我们需要的部分，采用以下的命令

PyMOL>color green，sele

这里的sele就是除了颜色以外的第二个变量。